قليلا عن تسريع البرنامج: الموازاة (يدوية أو أوتوماتيكية) بناء على حسابات فائقة التفاؤل

مرحبا أيها القراء الأعزاء. في هذا المنشور ، سنتحدث عن شيء (أصبح مألوفًا بالفعل) مثل تسريع البرنامج باستخدام حسابات متوازية. تقنيات تنظيم مثل هذه العمليات الحسابية معروفة - هذه هي البرمجة العادية متعددة الخيوط واستخدام الواجهات الخاصة: OpenMP و OpenAcc و MPI و DVM وغيرها الكثير (في هذه الحالة ، يتم استخدام الحلقات بشكل متوازي أو استخدام الموجهات أو خطوط الأنابيب ، ويتم تنظيم العمليات الحسابية البطيئة ، ويتم تخصيص كتل برامج مستقلة يمكن تشغيلها بالتوازي ، إلخ).



في هذه الحالة ، ينطلقون عادةً من فكرة أن الموازاة يجب ألا تؤثر بطريقة ما على نتائج تنفيذ البرنامج. هذا مطلب صعب ولكنه عادل في كثير من الحالات. ومع ذلك ، إذا حاولنا موازنة برنامج يقوم ببعض العمليات الحسابية بالطرق العددية (نقوم بتدريب شبكة عصبية ، أو محاكاة ديناميكيات مائع أو نظام جزيئي ، أو حل المعادلات التفاضلية العادية أو مشاكل التحسين) ، فستكون النتيجة (على أي حال) بعض الأخطاء. لذلك ، لماذا لا يتم تطبيق تقنيات موازية "محفوفة بالمخاطر" ، والتي يمكن أن تؤدي إلى خطأ إضافي صغير في الحل الرياضي ،ولكن هل تسمح لك بالحصول على مزيد من التسارع الإضافي؟ ستتم مناقشة إحدى هذه التقنيات - تقسيم أجسام الحلقة مع التنبؤ بالنتائج الوسيطة والتراجع في حالة التنبؤ غير الناجح (في الواقع ، هذه حسابات "مفرطة التفاؤل" في ذاكرة المعاملات جزئيًا).



فكرة الموازية



لنفترض أن لدينا دورة ، يتكون جسمها من جزأين متتاليين ، والجزء الثاني يعتمد على الأول. دع الحلقات الفردية للدورة تعتمد على بعضها البعض. على سبيل المثال:



for (int i = 0; i < N; i++) {
	x = f(y);
	y = g(x);
}


للوهلة الأولى ، لا يمكن موازاة مثل هذه الحلقة. ومع ذلك ، سنحاول. دعنا نحاول تنفيذ العاملين الأول والثاني لجسم الحلقة بالتوازي. تكمن المشكلة في أنه في وقت حساب g (x) x يجب أن تكون معروفة ، ولكن سيتم حسابها فقط في نهاية الجزء الأول. حسنًا ، دعنا نقدم مخططًا سيحاول في بداية الجزء الثاني التنبؤ بقيمة x الجديدة. يمكن القيام بذلك ، على سبيل المثال ، بمساعدة التنبؤ الخطي ، الذي "يتعلم" التنبؤ بقيمة جديدة لـ x ، بناءً على "تاريخ" التغيير. ثم يمكن قراءة الجزء الثاني بالتوازي مع الجزء الأول (هذا هو "المبالغة في التفاؤل") ، وعندما يتم حساب كلاهما ، قارن القيمة المتوقعة لـ x بالقيمة الحقيقية التي تم الحصول عليها في نهاية الجزء الأول. إذا كانت متساوية تقريبًا ، فيمكن قبول نتيجة الحسابات لكلا الجزأين (وانتقل إلى التكرار التالي للحلقة).وإذا كانت مختلفة تمامًا ، فلن يلزم إعادة سرد سوى الجزء الثاني. مع هذا المخطط ، في بعض الحالات ، سنحصل على موازاة خالصة ، في الباقي - العدد المتسلسل الفعلي. خوارزمية تنفيذ الحلقة هي كما يلي:



for (int i = 0; i < N; i++) {
	    {
		  1 –  x = f(y).        x;
		  2 –   x*   y* = g(x*).   x        x*.   ,  y = y*    .   ,     : y = g(x). 
	}
}


الخوارزمية الأساسية واضحة. يكون التسارع النظري مرتين ، ولكنه في الممارسة سيكون أقل بالطبع ، لأن: أ) يتم تخصيص جزء من الوقت للتنبؤات والتنسيق ؛ ب) لن يتم تنفيذ جميع التكرارات بشكل متوازٍ ؛ ج) يمكن أن يكون للجزء الأول والثاني من جسم الدورة كثافة عمالة مختلفة (من الناحية المثالية ، مطلوب المساواة). دعنا ننتقل إلى التنفيذ.



تنفيذ التوازي - حوسبة مفرطة في التفاؤل



بما أن خوارزمية الموازاة تتعامل مع إلغاء بعض الحسابات (في حالة الفشل) وإعادة تنفيذها ، فمن الواضح أن هناك شيئًا من فكرة العمل في ذاكرة المعاملات. أفضل - في المعاملات الجزئية ، حيث تعمل بعض المتغيرات وفقًا لنظام ذاكرة المعاملات ، وتعمل بقية المتغيرات كالمعتاد. يمكن تنظيم نقل البيانات من الجزء الأول إلى الجزء الثاني باستخدام بعض القنوات الخاصة. اجعل هذه القناة تنبؤية: أ) إذا كانت البيانات قد تم إرسالها بالفعل إلى القناة في وقت الاستقبال ، ثم تتم قراءتها منها ، ب) إذا لم تكن البيانات قد وصلت إلى القناة في وقت الاستقبال ، فإنها تحاول التنبؤ بهذه البيانات وإرجاع نتيجة التنبؤ. ستعمل هذه القناة وفقًا لمخطط غير معتاد إلى حد ما لذاكرة المعاملات التقليدية:إذا كان هناك في نهاية معاملة الجزء الثاني من الدورة تناقض بين البيانات المستلمة في القناة والبيانات التي تنبأت بها ، عندئذٍ يتم إلغاء معاملة الجزء الثاني من الدورة وإعادة تنفيذها ، ولن تتم قراءة "التنبؤات" من القناة ، ولكن يتم تلقي البيانات بالفعل. ستبدو الدورة كما يلي:



for (int i = 0; i < N; i++) {
	   ,     {
		 1 ( 1):
			x = f(y);
			_.put(x);
		 2 ( 2):
			_.get(x);
			y = g(x);
	}
}


منجز. اهتمت القناة بتنبؤ البيانات ، في حين اهتمت ذاكرة المعاملات جزئيًا بإلغاء الحسابات في حالة التنبؤ المفرط في التفاؤل.



بعض التطبيقات المفيدة: الشبكات العصبية ، طريقة الجسيمات في الخلية



يمكن استخدام مثل هذا المخطط لموازنة جسم الحلقة في عدد من الخوارزميات الرياضية ، على سبيل المثال ، عند نمذجة عدسة كهروستاتيكية باستخدام طريقة الجسيمات في الخلية ، وكذلك عند تدريب شبكة عصبية تلقائية باستخدام طريقة الانتشار العكسي. المهمة الأولى خاصة جدًا ، لذا لن أناقشها هنا ، سأقول فقط إن النهج الموصوف للتوازي أعطى تسارعًا بنسبة 10-15٪. لكن المهمة الثانية أصبحت أكثر شيوعًا بالفعل ، لذلك من الضروري ببساطة قول بضع كلمات عنها.



تتضمن الدورة التدريبية للشبكة العصبية تمريرة متسلسلة من خلال أزواج التدريب ، ولكل زوج ، يتم إجراء تحرك للأمام (حساب ناتج الشبكة) وحركة عكسية (تصحيح الأوزان والتحيزات). هذان هما الجزءان من جسم الحلقة لأزواج التدريب ، وللموازنة بينهما ، يمكنك تطبيق النهج أعلاه (بالمناسبة ، يمكن أيضًا تطبيقه بتمريرة متوازية من خلال أزواج التدريب ، مع تغييرات طفيفة). نتيجة لذلك ، في مهمة تدريب شبكة عصبية نموذجية ، حصلت على مكاسب بنسبة 50٪ في الأداء.



أتمتة موازاة برامج C



إن فكرة الحسابات فائقة التفاؤل ليست صعبة للغاية ، لذلك تمت كتابة برنامج مترجم خاص يتعامل مع الموازاة التلقائية - فهو يجد حلقات في برنامج C الأصلي يمكن لمثل هذا التوازي أن يعطي نتيجة إيجابية ويقسم أجسامهم إلى جزأين ، وإدخال توجيهات OpenMP الضرورية ، وإيجاد المتغيرات المحتملة للقنوات ، وربط مكتبة للعمل مع ذاكرة المعاملات جزئيًا والقنوات التنبؤية ، وفي النهاية ، إنشاء برنامج إخراج متوازي.



على وجه الخصوص ، تم تطبيق مثل هذا المترجم على برنامج محاكاة العدسة الكهروستاتيكية. سأقدم كلا البرنامجين - البرنامج الأصلي (الذي يتضمن توجيهًا يشير إلى موازاة الحلقات) والآخر الذي تم الحصول عليه بعد الترجمة.



البرنامج الأصلي:



#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#pragma auto parallelize
#pragma auto pure(malloc,fabs,free,sizeof,omp_get_wtime)
#define theta 1.83
#define NX 40
#define NY 40
#define h 0.1
#define NP 15000
//   
#define U1 200
#define U2 5000
#define e -1.5E-13
#define m 1E-11
#define e0 8.85E-12
#define V (h*h)
#define tau 0.000015
#define T 0.09
#define POISSON_EPS 0.01
#define TOL_EPS 0.25

int main() {
        double * U  = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
        double * UU = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
        double * EX = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
        double * EY = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
	double * PX = (double *)malloc(NP*sizeof(double));
	double * PY = (double *)malloc(NP*sizeof(double));
	int * X = (int *)malloc(NP*sizeof(int));
	int * Y = (int *)malloc(NP*sizeof(int));

	double ro[NY][NX];

	split_private double t;
	split_private double tm;
	split_private int i, j;

	for (i = 0; i < NY; i++)
		for (j = 0; j < NX; j++) {
			UU[i*NX+j] = j == NX-1 ? U2 : j == NX/2 && (i < NY/4 || i > 3*NY/4) ? U1 : 0.0;
			EX[i*NX+j] = 0.0;
			EY[i*NX+j] = 0.0;
		}
	for (i = 0; i < NP; i++) {
		int x, y;

		PX[i] = 0.5*NX*h*rand()/RAND_MAX;
		PY[i] = NY*h*rand()/RAND_MAX;

		x = PX[i]/h;
		y = PY[i]/h;
		if (x < 0) x = 0;
		else if (x > NX-1) x = NX-1;
		if (y < 0) y = 0;
		else if (y > NY-1) y = NY-1;

		X[i] = x;
		Y[i] = y;
	}

	tm = omp_get_wtime();

	for (t = 0.0; t < T; t += tau) {
		unsigned int n[NY][NX] = { 0 };
		double err;
		int ptr = 0;
		for (i = 0; i < NY; i++)
    			for (j = 0; j < NX; j++, ptr++)
				U[ptr] = UU[ptr];
		for (i = 1; i < NY - 1; i++)
			for (j = 1; j < NX - 1; j++) {
				EX[i*NX+j] = -(U[i*NX+j+1]-U[i*NX+j-1])/2.0/h;
				EY[i*NX+j] = -(U[(i+1)*NX+j]-U[(i-1)*NX+j])/2.0/h;
			}
						
		for (i = 0; i < NP; i++) {
			PX[i] += tau*e*EX[Y[i]*NX+X[i]]/m;
			PY[i] += tau*e*EY[Y[i]*NX+X[i]]/m;
		}

		for (i = 0; i < NP; i++) {
			int x = PX[i]/h;
			int y = PY[i]/h;
			if (x < 0) x = 0;
			else if (x > NX-1) x = NX-1;
			if (y < 0) y = 0;
			else if (y > NY-1) y = NY-1;

			Y[i] = y;
			X[i] = x;
			n[y][x]++;
		}

		for (i = 0; i < NY; i++)
			for (j = 0; j < NX; j++)
				ro[i][j] = n[i][j]*e/V;

		do {
			err = 0.0;
	
			for (i = 1; i < NY - 1; i++)
				for (j = 1+(i-1)%2; j < NX - 1; j+=2) {
				  int ptr = i*NX + j;
				  if (!(j == NX/2 && (i < NY/4 || i > 3*NY/4))) {
					double _new = (1-theta)*UU[ptr] + theta/4.0*(UU[ptr-1]+UU[ptr+1]+UU[ptr+NX]+UU[ptr-NX]-h*h*ro[i][j]/e0);
					double loc_err = fabs(UU[ptr] - _new);
					if (loc_err > err) err = loc_err;
					UU[ptr] = _new;
				  }
				}
			for (i = 1; i < NY - 1; i++)
				for (j = 1+i%2; j < NX - 1; j+=2) {
				  int ptr = i*NX + j;
				  if (!(j == NX/2 && (i < NY/4 || i > 3*NY/4))) {
					double _new = (1-theta)*UU[ptr] + theta/4.0*(UU[ptr-1]+UU[ptr+1]+UU[ptr+NX]+UU[ptr-NX]-h*h*ro[i][j]/e0);
					double loc_err = fabs(UU[ptr] - _new);
					if (loc_err > err) err = loc_err;
					UU[ptr] = _new;
				  }
				}
			for (j = 0; j < NX; j++) {
				UU[j] = UU[NX + j];
				UU[(NY-1)*NX + j] = UU[(NY-2)*NX + j];
			}
		} while (err > POISSON_EPS);
	}

	for (i = 0; i < NY; i++) {
		for (j = 0; j < NX; j++)
			printf("%lf\t", UU[i*NX+j]);
		printf("\n");
	}

	return 0;
}


برنامج موازٍ تلقائيًا



#include "transact.h"
#define split_private /* split-private */
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#define theta 1.83
#define NX 40
#define NY 40
#define h 0.1
#define NP 15000
#define U1 200
#define U2 5000
#define e -1.5E-13
#define m 1E-11
#define e0 8.85E-12
#define V (h*h)
#define tau 0.000015
#define T 0.09
#define POISSON_EPS 0.01
#define TOL_EPS 0.25

int  main(  ){
  double * U  = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
  double * UU = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
  double * EX = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
  double * EY = (double *)malloc(NY*NX*sizeof(double));
  double * PX = (double *)malloc(NP*sizeof(double));
  double * PY = (double *)malloc(NP*sizeof(double));
  int * X = (int *)malloc(NP*sizeof(int));
  int * Y = (int *)malloc(NP*sizeof(int));
  double ro[NY][NX];
  split_private double t;
  split_private double tm;
  split_private int i, j;
  for ( i = 0; i < NY; i++ )
    for ( j = 0; j < NX; j++ )
      {
        UU[i*NX+j] = j == NX-1 ? U2 : j == NX/2 && (i < NY/4 || i > 3*NY/4) ? U1 : 0.0;
        EX[i*NX+j] = 0.0;
        EY[i*NX+j] = 0.0;
      }
  for ( i = 0; i < NP; i++ )
    {
      int x, y;
      PX[i] = 0.5*NX*h*rand()/RAND_MAX;
      PY[i] = NY*h*rand()/RAND_MAX;
      x = PX[i]/h;
      y = PY[i]/h;
      if ( x < 0 )
        x = 0;
      else
        if ( x > NX-1 )
          x = NX-1;
      if ( y < 0 )
        y = 0;
      else
        if ( y > NY-1 )
          y = NY-1;
      X[i] = x;
      Y[i] = y;
    }
  tm = omp_get_wtime();
#pragma omp parallel num_threads(2) private(t,tm,i,j) 
  {
    int __id__ = omp_get_thread_num();
    TOut<double > * out_ro = __id__ == 0 ? new TOut<double >("ro63", (NY)*(NX), 2, 0.01, -1, "63") : NULL;
    TIn<double > * in_ro = __id__ == 1 ? new TIn<double >("ro63", (NY)*(NX), 2, 0.01, -1, "63") : NULL;
    for ( t = 0.0; t < T; t += tau )
      {
        unsigned int n[NY][NX] = { 0 };
        double err;
        int ptr = 0;
        if ( __id__ == 0 )
          {
            for ( i = 0; i < NY; i++ )
              for ( j = 0; j < NX; j++, ptr++ )
                U[ptr] = UU[ptr];
          }
transaction_atomic("63")
        {
          if ( __id__ == 0 )
            {
              for ( i = 1; i < NY - 1; i++ )
                for ( j = 1; j < NX - 1; j++ )
                  {
                    EX[i*NX+j] = -(U[i*NX+j+1]-U[i*NX+j-1])/2.0/h;
                    EY[i*NX+j] = -(U[(i+1)*NX+j]-U[(i-1)*NX+j])/2.0/h;
                  }

              for ( i = 0; i < NP; i++ )
                {
                  PX[i] += tau*e*EX[Y[i]*NX+X[i]]/m;
                  PY[i] += tau*e*EY[Y[i]*NX+X[i]]/m;
                }

              for ( i = 0; i < NP; i++ )
                {
                  int x = PX[i]/h;
                  int y = PY[i]/h;
                  if ( x < 0 )
                    x = 0;
                  else
                    if ( x > NX-1 )
                      x = NX-1;
                  if ( y < 0 )
                    y = 0;
                  else
                    if ( y > NY-1 )
                      y = NY-1;
                  Y[i] = y;
                  X[i] = x;
                  n[y][x]++;
                }
              for ( i = 0; i < NY; i++ )
                for ( j = 0; j < NX; j++ )
                  ro[i][j] = n[i][j]*e/V;
              out_ro->put((double  *)ro);
            }
          else
            {
              double  ro[NY][NX];
              in_ro->get((double  *)ro, 0);
              do
                {
                  err = 0.0;

                  for ( i = 1; i < NY - 1; i++ )
                    for ( j = 1+(i-1)%2; j < NX - 1; j+=2 )
                      {
                        int ptr = i*NX + j;
                        if ( !(j == NX/2 && (i < NY/4 || i > 3*NY/4)) )
                          {
                            double _new = (1-theta)*UU[ptr] + theta/4.0*(UU[ptr-1]+UU[ptr+1]+UU[ptr+NX]+UU[ptr-NX]-h*h*ro[i][j]/e0);
                            double loc_err = fabs(UU[ptr] - _new);
                            if ( loc_err > err )
                              err = loc_err;
                            UU[ptr] = _new;
                          }
                      }
                  for ( i = 1; i < NY - 1; i++ )
                    for ( j = 1+i%2; j < NX - 1; j+=2 )
                      {
                        int ptr = i*NX + j;
                        if ( !(j == NX/2 && (i < NY/4 || i > 3*NY/4)) )
                          {
                            double _new = (1-theta)*UU[ptr] + theta/4.0*(UU[ptr-1]+UU[ptr+1]+UU[ptr+NX]+UU[ptr-NX]-h*h*ro[i][j]/e0);
                            double loc_err = fabs(UU[ptr] - _new);
                            if ( loc_err > err )
                              err = loc_err;
                            UU[ptr] = _new;
                          }
                      }
                  for ( j = 0; j < NX; j++ )
                    {
                      UU[j] = UU[NX + j];
                      UU[(NY-1)*NX + j] = UU[(NY-2)*NX + j];
                    }
                }
              while ( err > POISSON_EPS )
                ;
            }
        }
      }
    delete in_ro;
    delete out_ro;
  }
  for ( i = 0; i < NY; i++ )
    {
      for ( j = 0; j < NX; j++ )
        printf("%lf\t", UU[i*NX+j]);
      printf("\n");
    }
  return 0;
}


النتيجة



لذلك ، في بعض الأحيان يمكنك محاولة مواءمة البرنامج حتى في الحالات التي يتكون فيها من أجزاء متسلسلة بدقة ، وحتى الحصول على نتائج إيجابية في التسريع (في تجاربي ، تمت زيادة السرعة من 15 إلى 50٪). آمل أن تكون هذه المقالة القصيرة مفيدة لشخص ما.



All Articles